3月29日下午，中国科学院生物物理研究所研究员薛愿超、中国科学院北京生命科学研究院李幸研究员应邀做客4188云顶集团、生物医学与健康学院的整合生物学前沿论坛，4188云顶集团陈振夏教授主持此次报告。

薛愿超研究员的主要研究方向包括：非编码RNA与转录调控。本次汇报主要聚焦与增强子、启动子RNA和长链非编码RNA，期望通过利用各种RNA功能基因组学手段，系统研究这些非编码RNA的功能机制及其实现的结构基础。

薛老师首先汇报了RIC-seq技术及该技术的应用。RIC-seq技术利用甲醛对细胞进行交联以固定RNA-RNA之间的相互作用，在保持细胞完整性的前提下通过RNA原位近端连接技术将空间邻近的RNA片段连接起来形成嵌合体RNA，并创新性地使用pCp-biotin标记和富集嵌合体RNA，能够以更低的假阳性率和测序成本实现单碱基分辨率下全景式解析细胞内各种编码及非编码RNA的空间相互作用。

接下来，薛老师基于RIC-seq技术系统构建的涵盖7种人源细胞系的增强子-启动子RNA互作（EPRI）图谱，并首次揭示了基因组重复元件Alu序列在增强子-启动子配对选择特异性中的关键作用。增强子和启动子RNA中的Alu序列可通过碱基互补配对形成RNA双链体，从而决定了增强子-启动子的配对选择特异性，进而激活对应靶标基因的转录。进一步的分析发现，位于Alu元件中的遗传突变可能影响数千个蛋白编码基因的转录，从而对细胞功能产生重要影响。该研究于2023年发表于Nature杂志。

最后，薛老师汇报了2023年3月在Molecular Cell杂志在线发表了的题为 Capture RIC-seq reveals positional rules of PTBP1-associated RNA loops in splicing regulation 的研究论文。通过创建一种捕获特定RBP介导的RNA-RNA原位空间互作的新技术CRIC-seq（Capture RIC-seq），发现癌症相关剪接数量性状位点 (sQTLs)可破坏PTBP1蛋白与RNA靶位点的亲和力、影响RNA环的形成，进而导致剪接异构体变化和癌细胞增殖异常。除了RIC-seq技术及CRIC-seq技术外，薛老师团队也开发了LACE-seq及vRIC-seq等技术，用于探究RNA的功能。

  李幸老师，现任中国科学院北京生命科学研究院研究员、博导、课题组长。主要研究内容集中在：1）RNA成像、传感与调控；2）CRISPR基因编辑合成生物学；3）小分子探针与药物等方面。主持国家重点研发计划子课题，国家自然科学基金等项目基金，开发了靶向RNA的荧光探针，建立RNA适配体和CRISPR等生物技术，开展RNA、基因组DNA和代谢物追踪等研究，应用于神经退行性疾病、癌症等疾病诊断。

  李幸研究员以“发光RNA探照生命“中心法则””为题作报告。李老师将讲述其研发的高性能的荧光响应RNA成像技术和工具，时空标记人活细胞中的生命“中心法则”：1）成像活细胞基因组DNA，实时追踪单拷贝DNA及其生物学过程。2）单分子RNA成像。基于高亮、光稳定的RNA探针技术，开展了活细胞内单个mRNA成像，并研究了单个mRNA的亚细胞定位和相变等生物学功能。3）构筑RNA介导的生物传感器，检测单个活细胞内代谢物、蛋白、离子的动态变化，解析相关代谢信号通路，鉴定代谢酶药物活性和抑制性能。

  报告结束后，李幸研究员还与在场师生展开了热烈讨论。在场师生就报告内容进行了踊跃提问，李幸研究员对每个问题作了详细解答。最后由陈振夏教授总结发言，并对与会人员表示感谢。

薛愿超作报告

李幸与在场同学交流

审核：陈振夏